IAKN Ambon, yang awalnya didirikan sebagai Sekolah Pendidikan Guru Agama Kristen (PGAK) pada tahun 1970-an, telah mengalami berbagai perubahan status dan transformasi kelembagaan sepanjang sejarahnya. Pada tahun 1993, status PGAK ditingkatkan menjadi Lembaga Pendidikan Tenaga Keguruan (LPTK), dan pada tahun 1996 menjadi Akademi Pendidikan Guru Agama Kristen Protestan Negeri (APGAKPN) Ambon. Pada tahun 1997, APGAKPN berubah menjadi Akademi Pendidikan Tenaga Keguruan Negeri (APTKN), lalu pada tahun 1998 kembali menjadi APGAKPN Ambon. Pada tahun 1999, status APGAKPN Ambon menjadi Sekolah Tinggi Agama Kristen Protestan Negeri (STAKPN) Ambon, berdasarkan Keputusan Presiden RI No. 19 Tahun 1999.

Ketika STAKN Ambon resmi menjadi institut, maka terjadi penyesuaian struktur dan pembukaan program studi baru untuk memperluas jangkauan dan spesialisasi keilmuan. Berdasarkan informasi dari IAKN Ambon, ketika institusi ini bertransformasi dari STAKN menjadi Institut Agama Kristen Negeri (IAKN) pada tahun 2018, beberapa program studi baru dibuka, termasuk Bimbingan Konseling Kristen.

Dengan demikian, Program Studi Bimbingan Konseling Kristen secara resmi hadir sebagai bagian dari Fakultas Ilmu Pendidikan Kristen (FIPK) saat STAKN Ambon ditingkatkan statusnya menjadi IAKN Ambon. Keberadaannya dirancang untuk menjawab kebutuhan masyarakat akan tenaga konselor yang profesional dengan fondasi nilai-nilai Kristiani, khususnya di wilayah Maluku dan Indonesia bagian Timur.

Sejak saat itu, prodi Bimbingan Konseling Kristen terus berkembang, melakukan berbagai kegiatan pelatihan dan penelitian, serta menyiapkan lulusan yang kompeten untuk berkontribusi di bidang pendidikan dan pelayanan masyarakat.